Да работи за духовното единство на всички българи, да осветлява общественото мнение в страната и в чужбина със средствата на научната документация, научни изследвания, научни и популярни издания относно насилствената денационализация на българското население в Македония, да разобличава фалшификации на историческото минало и да разкрива характера на националноосвободителното движение на българите в Македония, да проучва историята, етнографията, фолклора, географията, диалектите, културата и икономиката на историко-географската област Македония, да събира , систематизира, съхранява и съдейства за проучването и публикуването на материали, свързан с историята, културата и живата на българите в Македония и от Макудония, да издава научни периодични списания, да издава научна и научно- популярна литература и други видове издания, свързани с Института, да организира и участва в провеждането на научни симпозиуми, конференции, сесии и семинари, да установява и да поддържа системни връзки с други институти у нас и в чужбина, чрез размяна на литература, материали и друга информация.